ФК „Етър” е основан на 24 април 1924 г. след обединяването на съществуващите вече във Велико Търново клубове „Слава”, „Феникс”, „Виктория” и „България”. След много горещи спорове обединеният отбор получава славянското име на река Янтра – „Етър”, което значи бързотечаща вода. За първи председател е избран търговецът Балтов. Така започва славната история на ФК „Етър” (Велико Търново).

Първият голям успех след създаването си тимът постига само 6 години по-късно, през 1930 г., когато достига до полуфинал в турнира за Държавната (Царската купа). В периода 1946-1956 г. отбор с това име не съществува, тъй като практиката в този период е да се създават тимове на ведомствен принцип. Така във В. Търново се появяват „Ударник”, „Септември“, „Спартак“, ДНА и „Червено знаме”. „Етър” възкръсва през 1957 г., когато се премахва ведомственият принцип за изграждането на отбори, изградено е ДФС и започва участието си от „Б” група.

След като в продължение на 34 г. от своето създаване отборът играе на Марно поле, Колодрума и на игрище „Спартак“, на 24 май 1958 г. тимът вече играе на новоизградения стадион „Ивайло“.

Вторият голям успех идва през 1960 г., когато „Етър” достига до полуфинал за националната купа, след като на четвъртфиналите отстранява непобедимия тогава отбор на ЦДНА след победа в София. През 1969 г. за първи път в историята си тимът влиза в „А” група и приема виолетовия цвят на екипите си. Датата 10 август 1969 г. ще остане завинаги в историята на „болярите”, които играят първия си мач в елита – 1:1 срещу „Академик” (Сф) на „Ивайло“ пред 25 000 зрители. Тимът остава при майсторите до пролетта на 1975 г.

През 1973/74  г. „виолетовите” записват най-високия си връх дотогава – 4-о място, и се класират за евротурнирите. За Купата на УЕФА отборът среща италианския гранд „Интер”, като завършва 0:0 във В. Търново и губи с 3:0 в Милано. През 1979 г. „болярите” пак са в „А” група, изпадат, но от 1981 г. влизат отново и са в елита без прекъсване до 1998 г.

Това са годините на най-големите успехи на великотърновския клуб. През 1987 г. той печели групата си в турнира на УЕФА – Интертото. Две години по-късно „болярите” печелят трето място и се окичват с бронзовите медали. На следващата година повтарят постижението, а 1991 г. е „златната” в историята на тима. „Етър” със старши треньор Георги Василев става безапелационно шампион на България, като остава далеч зад себе си ЦСКА и „Славия”.

Сезон 1990/91 г. ще остане паметен в историята и със спечелването на първата и оказала се впоследствие и последна Купа на БФС. През есента в 1/16-финал за КЕШ „Етър” среща немския шампион „Кайзерслаутерн” и отпада след 1:1 у дома и 2:0 в Германия.

През следващите 2 години отборът заема четвърта позиция. През 1994 г. по време на паметното Световно първенство в САЩ, на което България става четвърта в света, най-много футболисти в националния тим са от „Етър” – Красимир Балъков, Трифон Иванов, Илиян Киряков, Цанко Цветанов и Бончо Генчев. През 1998 г. „Етър” изпада в „Б” група, на следващата година – и в третия ешелон, а от 2003 г. представителният отбор престава да съществува.

През 2002 г. е основан ПФК „Етър 1924”, който още следващата година влиза във втория ешелон и в продължение на осем сезона неизменно играе в „Б” група. През 2012 г. тимът става първи и влиза в „А” група, но изпада във фалит и накрая не доиграва първенството.

На 17 юли 2013 г. е създаден СФК „Етър Велико Търново”, който след три години участие в Северозападната „В” група през 2016 г. завършва първи и влиза в професионалния футбол. „Виолетовите” стават есенен първенец и на Втора лига през сезона 2016/2017 година с амбиции за влизане в елитната група.